Consejo Rector: estará formado por los Rectores de las Universidades participantes en el Instituto o, en su caso, por delegación en Vicerrectores o Directores de Secretariado con competencias en investigación en cada institución participante, y el Director, Secretario y Subdirector del Instituto. Estos tres últimos solamente tienen voz, pero no voto en este órgano.
Consejo de Instituto: es el órgano colegiado de gobierno del Instituto Andaluz de Investigación en Tecnología Educativa, presidido por su Director y en el que actuará como Secretario el del Instituto, estando integrado por todos los miembros ordinarios y un representante por sede del resto de categorías de miembros, según lo recogido en el Reglamento de Funcionamiento del Instituto.
Consejo de Dirección: conformado por el Director, Subdirector y Secretario del Instituto, más dos representantes de cada sede.
Junta de Sede: presidida por el coordinador de sede, estará integrada por todos los miembros ordinarios del Instituto en la correspondiente Universidad y un representante del resto de categorías de miembros de la sede, según lo recogido en el Reglamento de Funcionamiento del Instituto.
Consejo Asesor: presidido por el Director del Instituto, el Consejo Asesor estará constituido por doce miembros: Director, Subdirector, Secretario y nueve profesionales del sector turístico o representantes de instituciones públicas relacionadas con el turismo.